Verschiedene Online Tools und Programme behandeln beliebigen Quellcode. Die im Englischen "Beautifier" genannten Werkzeuge sorgen für Übersicht und eine optisch ansprechende Darstellung. Wobei Schönheit im Auge des Betrachters liegt. Nützlich ist das auch, wenn man es mit fremden Arbeiten zu tun hat, die man anpassen oder studieren möchte. Diese Tools sind keine Validatoren. Zur Verschönerung kann allerdings das Entfernen überflüssiger Elemente gehören. So etwas ist dann mit Vorsicht einzusetzen. Auch Editoren haben mitunter ähnliche Talente, es lohnt sich dort einmal nachzuschauen.
Quick Highlighter
Dieses Online Tool versteht sich auf diverse Sprachen. Quellcodes werden strukturiert in Farbe dargestellt.

PrettyPrinter
Kennt PHP, Java, C++, C, Perl, JavaScript, CSS. Hier lässt sich genauer bestimmen wie der Code formatiert werden soll.

PHP Code Beautifier
Ein einfaches Online Tool das bei sehr unaufgeräumten Codes Sinn macht
Ruby Script Beautifier
Zu haben als Listing zum Download
Tabifier
Das Online Tool versieht
CSS, HTML und Scriptsprachen wie JavaScript und PHP mit Einzügen.

Ein namenloser CSS Beautifier der verschiedene Optionen bietet. Dazu gehört unter anderem eine alphabetische Sortierung

CSS Formatierer und Optimierer
Komprimiert, färbt und bereinigt CSS-Dateien. Kopie oder Mirror gibt es auch unter der Adresse cleancss.com.

Highlight.js
Sorgt für eine strukturierte, farbige Darstellung von Quellcodes innerhalb von Webseiten. Auch als Wordpress-Plugin verfügbar. Arbeitet mit diversen Sprachen. Ähnliches tut Googles Javascript Code Prettifier.

Code Beautifier Plus
Behandelt Java, C# und ActionScript

PHP Formatter
Ein Online Werkzeug. Kommt mit 5 vordefinierten Layouts.

PHP_Beautifier
Online Version für den eigenen Server. Braucht PHP 5
Online Beautifier for JavaScript
Einfaches Online Tool
Lorins simple code beautifier for C++, C#, Java, and Javascript
Online Tool. Sourcecode darf mitgenommen werden.
Tidy
Ein Klassiker, der es über die Jahre auf viele Varianten und Abkömmlinge gebracht hat. Tidy besteht aus Programmbibliotheken. Es gibt auch fertige Programme wie TidyGUI. Es ist alt, kann aber immer noch seinen Dienst verrichten. Außerdem: HTML Tidy, HTML Tidy auf Deutsch, Artikel: Clean up your Web pages
with HTML TIDY. HTML Code Export (Software auf Basis von Tidy), CSSTidy, Perltidy, HTML Validator mit Tidy als Firefox Extension.
TidyGUI in Aktion
SourceFormatX Source Code Formatter & Beautifier
Für Programmierer. Kann weder HTML noch CSS, dafür Javascript, VB, PHP, ASP, JSP, HTC, C…, JAVA und andere. Kostet 36,99 Dollar. Windows.

Auch Polystyle ist ein Windows Programm das diverse Formate beherrscht. Es gibt eine Trialversion, ansonsten kostet es 79,- Dollar. Polystyle kann von der Kommandozeile ebenso bedient werden wie aus dem Datei-Explorer heraus.
Weiteres: phpCodeBeautifier (Win/Linux Kommandozeilentool), HTB 2.0 (ebenfalls Kommandozeilentool). Ein Blogbeitrag über SQL Beautifier.
Es gibt mehr. Besonders für JAVA, das ich hier aber ausgelassen habe.